Une ombre plane sur Sacha, Flora et leurs amis alors qu'ils parcourent la région de Hoenn, et ce n'est pas celle du Mont Chimnée : la Team Magma et la Team Aqua ont mis leurs plans à exécution et nos héros sont pris dans la tourmente ! Lorsqu'ils ne sont pas occupés à déjouer des plans machiavéliques, Sacha et Flora poursuivent leurs objectifs personnels. Ainsi, Sacha obtient trois nouveaux Badges tandis que Flora remporte ses trois premiers Rubans de Concours. Le groupe obtient également de nouveaux Pokémon comme Chartor et Bulbizarre, mais arriveront-ils à contrôler toute leur puissance ?
Après sa victoire à la Conférence Argentée, Sacha s'attaque à son prochain défi : la région lointaine de Hoenn ! Il laisse derrière lui ses vieux amis à qui il doit dire au revoir, mais il fait la connaissance de Flora, une jeune Dresseuse qui débute son voyage Pokémon. En compagnie du petit frère de Flora, Max, et du fidèle Pierre, nos héros Dresseurs Pokémon se lancent à la poursuite de leurs rêves : Sacha remporte trois Badges, tandis que Flora décide de devenir Coordinatrice de Pokémon.